KJP vadas susitiko su Klaipėdos universiteto rektoriumi prof. dr. Artūru Razbadausku, studijų prorektore dr. Sonata Mačiulskyte bei kitais universiteto vadovybės atstovais. Pokalbio metu buvo aptarti artimiausi bendradarbiavimo planai ir vizija universiteto bendruomenėje puoselėjant ir stiprinant Lietuvos kaip jūrinės valstybės idėją, ateityje siekiant kuo plačiau studentus supažindinti su Karinių jūrų pajėgų veikla.
Aktyvus ir abipusiai naudingas KJP bendradarbiavimas su Klaipėdos universitetu plėtojamas nuo 1993 m. , kai Klaipėdos universiteto Jūrų technikos fakulteto studentai galėjo pasirinkti atsargos jūrų karininkų kursus, kuriuos vedė KJP instruktoriai, ir juos baigę pretenduoti į profesinę karo tarnybą KJP.
Pastarąjį dešimtmetį bendradarbiavimas ypatingai plėtojamas povandeninės archeologijos srityje, analizuojant jūros dugno situaciją Lietuvos teritoriniuose vandenyse, ieškant nuskendusių laivų ir sprogmenų. Šiais klausimais bendradarbiaujama su universiteto Baltijos regiono istorijos ir archeologijos instituto Povandeninių tyrimų centru.
Šio centro vadovas prof. habil. dr. Vladas Žulkus ir kiti specialistai kartu su KJP laivo N42 „Jotvingis“ ir Povandeninių veiksmų komandos (PVK) narų parama 2009 m. organizavo jūrinę ekspediciją į Suomijos įlanką ieškant nuskendusio Lietuvos karo laivo „Prezidentas Smetona“. Antros bendros (KJP ir Klaipėdos universiteto) ekspedicijos metu 2017 m. vasara, kuomet dalyvavo Klaipėdos universiteto burlaivis „Brabander" ir PVK narai, buvo nustatyta tiksli laivo „Prezidentas Smetona“ žūties vieta bei padarytos nuotraukos.
Bendradarbiavimas su universitetu aktyviai buvo plėtojamas net ir tarptautinių istorinių jūrinių minų paieškos ir nukenksminimo operacijų metu, vykusių Lietuvos teritoriniuose vandenyse ir išskirtinėje ekonominėje zonoje Baltijos jūroje. 2013 m. Klaipėdos universitetas prie šios operacijos prisidėjo, skirdamas burlaivį „Brabander“.
KJP kariai, keldami savo kvalifikaciją ir gilindami erudiciją, labai dažnai pasirenka studijas Klaipėdos universitete, pvz. politikos mokslų tarptautinio saugumo, karybos istorijos magistrantūros studijas ar kitas studijų programas.