Vasarą dar labiau įšilus vandeniui ir esant pakankamai maistingųjų medžiagų - azoto ir fosforo - suintensyvėja mikroskopiniai augaliniai dumbliai, sukeliantys vasarinį vandens „žydėjimą".
Lyginant su pavasariu, vasarą pradeda vyrauti kitos dumblių rūšys - didžiausia biomase ir kiekiu pasižymi melsvadumbliai.
Dažniausiai vandens „žydėjimas" stebimas karštomis dienomis, esant silpnam pastoviam vėjui arba štiliui.
Iš melsvadumblių gausiausia rūšis yra Aphanizomenon flos aquae, kuri kiekvieną vasarą intensyviai žydi Kuršių mariose bei iš jūros pusės Melnragės rajone.
Vanduo pakeičia spalvą, kai mikroskopinių augalinių dumblių - fitoplanktono - koncentracija pasiekia 1 mg/l, o toksiškas efektas dažnai pasireiškia, kai tam tikrų rūšių koncentracija vandenyje pasiekia 250 mg/l. Iš daugiamečių vizualių vandens paviršiaus stebėjimų galima daryti išvadą, kad šios rūšies „žydėjimas" Kuršių marių vandenyse paprastai tęsiasi nuo birželio iki lapkričio mėn. Aphanizomenon nepakenčia intensyvaus vandens maišymosi, todėl ilgos ramios vasaros nulemia gausų jų paplitimą. Kitos gausios šiuo laikotarpiu melsvadumblių rūšys - Planktothrix agardhii, Anabaena flos-aquae ir kt. Užsitęsus šiltiems orams jūroje sparčiai vystytis pradeda Nodularia spumigena, karštomis vasaromis sukelianti vandens žydėjimą Baltijos jūroje.
Šios visos rūšys yra eutrofikacijos indikatoriai ir kai kurios priskiriamos prie potencialiai toksiškų, kurios intensyviai vystantis išskiria į vandenį kitiems organizmams toksiškus gyvybinės veiklos produktus. Intensyviai vystantis dumbliams, vandens paviršius dažnai būna padengtas plačiomis ilgomis „žydėjimo" juostomis, nudažančiomis vandenį žalia, melsvai žalia ar kt. spalva, užuovejose tiršta žydinčių dumblių masė lyg kilimas užkloja vandens paviršių, gausiai išnaudojamas deguonis, ypač kai apatiniai dumblių sluoksniai, negaunantys pakankamai šviesos, pradeda pūti. Dėl to pablogėja vandens kokybė: sumažėja vandens skaidrumas, vanduo įgauna nemalonų kvapą, pakinta jo klampumas, susidaro palankios sąlygos vystytis bakterijoms. Deguonies trūkumas dažnai nulemia žuvų ir kitų vandens gyvūnų kritimą.
Kuršių marios daro įtaką jūros vandens kokybei, ypač arčiau marių, ties Melnrage.
Valstybinės aplinkos monitoringo programos ekspedicijos metu vandens skaidrumas buvo iki 1 m, tik rytinėje dalyje didesnis ir siekė 1,4 m. Matavimų metu Klaipėdos sąsiauryje priedugnio sluoksnyje ir centrinėje Kuršių marių dalyje išmatuotas mažesnis deguonies kiekis nei įprastai.